Los debates ideológicos y políticos de la época, en el plano de la organización política, giraron en torno a las discusiones entre centralistas y federalistas y, en el plano económico, alternaron las opciones librecambistas y proteccionistas. En el campo de la educación, a partir de 1826 se inició una serie de reformas que buscaba consolidar las bases de una educación nacional y conformar un discurso estatal educativo, que dejaba entrever la pugna entre dos tendencias: el poder político que hizo énfasis en una educación al servicio del Estado desde una óptica secular, y el poder moral, que puso a la Iglesia como el centro de la empresa educativa nacional.
En 1844, las 491 escuelas públicas y 712 privadas registradas por el gobierno de turno debieron adelantar las reformas, impulsadas desde el Ministerio del Interior, entidad de la cual dependía la educación en la época. Estas reformas, entre otros aspectos, reforzaban los fundamentos cristianos en su orientación, insistían en la importancia de la educación práctica y autorizaban nuevamente la entrada de los jesuitas al país y su participación en actividades educativas. En estos años también se fundan los primeros colegios masculinos y femeninos privados, que otorgaban especial importancia a la enseñanza de las ciencias naturales y del inglés.
Durante este período, no sólo la educación fue considerada como un aspecto clave en los propósitos de consolidación nacional. La existencia de mapas poco confiables y de información inexacta sobre las provincias, hizo que el levantamiento del mapa del país se volviera una prioridad económica, política y militar. Por ello, en 1849 se inició la Comisión Corográfica de Colombia, segunda gran empresa estatal, bajo el mando del geógrafo e ingeniero militar, Coronel Agustín Codazzi, quien tenía la misión de levantar la carta geográfica general de la República y elaborar los mapas corográficos de cada una de las provincias en que se dividía el país.
Además de producir el levantamiento geográfico y cartográfico del país, la Comisión Corografica, gracias a la presencia de geógrafos, botánicos, cartógrafos, dibujantes y pintores, contribuyó al conocimiento del país, registrando datos de la más diversa índole. Entre 1850 y 1859, la Comisión realiza ocho viajes de exploración por el territorio colombiano, en los cuales recoge información sobre las villas, las aldeas, las parroquias, los caminos y las veredas que comunican los pueblos, las haciendas, los hatos, el curso de los ríos, las cordilleras y sus alturas, además de información sobre producciones naturales y manufacturadas de cada localidad y población, estadísticas militares, comercio, animales silvestres, minería, climas, estaciones y demás particularidades del territorio nacional.
Además de los mapas sobre la geografía física y política de las provincias de la Nueva Granada, se publicaron documentos tales como: Peregrinación Alpha, libro del primer secretario de la Comisión, Manuel Ancízar, que registra las costumbres, las razas en que se divide la población, los monumentos antiguos y curiosidades naturales, y todas las circunstancias que consideró dignas de mencionarse; y Apuntaciones de viaje por Antioquia y por las provincias del sur, de José Jerónimo Triana, además de una importante colección de láminas, dibujos, aguadas y acuarelas.
La Comisión Corográfica -breve pero fértil ensayo de universidad sin aulas y de investigación de acción colectiva sobre el cuerpo y realidad de Colombia-, manifiesta por primera vez un intento por adquirir conciencia nacional histórica y la intención de emitir un mensaje para las potencias mundiales, sobre el camino del progreso que emprendió la nueva nación y sobre la necesidad de reconocerla en el concierto de los países civilizados.
Las dos décadas que se iniciaron en 1850 están marcadas por la influencia francesa en la cultura nacional, lo que promueve una abundante literatura política de carácter radical, romántico y utópico. Mientras tanto, en la base de la estructura social poco o nada cambia; los artesanos que alcanzaron ascendente político hacia la mitad del siglo se dispersaron y su actividad decayó por la persecución y las medidas económicas, y los esclavos negros recientemente liberados fueron parias despreciados por el conjunto de otros estamentos.
En la segunda mitad del siglo XIX se crean instituciones nacionales y regionales que permitieron consolidar y ampliar la cobertura de servicios educativos -como la Universidad Nacional, fundada en 1867 con las facultades de Jurisprudencia, Medicina, Filosofía, Letras, Ingeniería y la Escuela de Ciencias Naturales. Posteriormente se crea la Universidad de Antioquia en Medellín (1871), mediante la fusión del Colegio Máximo del Estado, el Jardín Botánico y la Biblioteca del Estado, y en 1887 se funda la Escuela de Minas de Medellín. Estos tres centros educativos impulsaron la formación de la clase empresarial moderna en la década de 1870.
Ese mismo año se llevó a cabo una reforma que fijó las normas del sistema educativo, formuló un punto de vista sobre los fines políticos de la educación y postuló una concepción pedagógica que permitía favorecer la enseñanza de las ciencias. Se creó una organización jerárquica, con el propósito de dar a la educación una administración autónoma y unitaria dentro de las funciones administrativas del Estado. A nivel nacional se estableció la Dirección General de Instrucción Pública -dependiente de la Secretaría General de Relaciones Exteriores-, y a nivel regional se introdujeron los cargos de dirección de instrucción pública.
Esta reforma, que impuso la instrucción pública obligatoria, es considerada por muchos analistas como la más ambiciosa empresa educativa intentada en el siglo XIX. Esta reforma estaba basada en las convicciones de que la educación era un deber y un derecho del Estado y una de las expresiones de su soberanía, y que las libertades públicas y los planes de progreso social y económico no eran viables, sin una ciudadanía ilustrada con un mínimo de educación. Por ello, y aunque no fue abiertamente anticlerical, dicha reforma sí promulgó la neutralidad del Estado y de la educación pública en materia religiosa. En el marco de estas reformas, en 1872, gracias a las relaciones comerciales que se mantenían en ese entonces con Alemania, se trajo al país una misión de pedagogos alemanes para asesorar la Dirección Nacional de Instrucción Pública y para apoyar el desarrollo de institutos normalistas en cada uno de los Estados federados.
Los promotores de la reforma, pertenecientes a la denominada generación radical, estaban convencidos de que ésta era el único medio para sacar al país de su atraso. No obstante la hostilidad de la Iglesia, las resistencias regionales, la falta de recursos, la ineficacia de la administración pública y la oposición de sectores políticos desde las páginas de periódicos como La Ilustración, La Caridad y El Tradicionalista, entre otros, impidieron su aplicación e incitaron a su fracaso.