Luego de la proclamación de independencia de varias ciudades en el Nuevo Reino de Granada se presentan enfrentamientos entre realistas y patriotas republicanos, los primeros para restablecer el orden en el pueblo insurgente y los segundos para obtener la independencia absoluta.

Las convulsiones bélicas que caracterizaron los primeros años de la independencia fueron constantes y se extendieron casi por todo el siglo, manifestando la disparidad de intereses y de opiniones sobre aspectos ideológicos y políticos bajo los cuales discurrió la lucha independentista. Muchos de los personajes que apoyaron la causa de la independencia, e incluso murieron por ésta, fueron hombres ubicados en el ápice de la pirámide social: latifundistas, conservadores radicales con respecto al liberalismo económico, aliados con comerciantes, hombres de leyes y letras, y funcionarios provinciales y locales.

Hasta mediados del siglo XVIII, el Nuevo Reino había sido un archipiélago de minúsculas provincias unificadas por su fidelidad al Rey, pero sin referentes que las aglutinaran entre sí. Los aspectos sobre los que giró el debate político e ideológico de la época y sobre los cuales se fraguaron las mayores desavenencias, fueron la definición de un sistema institucional que representara los intereses de las élites, las relaciones entre Iglesia y Estado, y la orientación de la educación.

Desde un comienzo, la insurrección estuvo acompañada de publicaciones periódicas, como El Diario Político de Santa Fe de Bogotá, La Bagatela, El Aviso al Público y El Argos Americano, que catalizaban las transformaciones intelectuales de la Nueva Granada, traduciendo en sus páginas los espíritus de la época y también los conflictos que emergían en el movimiento libertador.

Caudillos de la gesta libertadora como Simón Bolívar y Francisco de Paula Santander plantearon desde un comienzo la necesidad de llevar a cabo reformas educativas para alcanzar la independencia absoluta, pues aún continuaban en vigencia estructuras, costumbres y conocimientos coloniales. Adicionalmente, las luchas libertadoras para una gran mayoría de la población solamente habían sido la superposición de personajes y poderes. El proceso de independencia creó un vacío debido al cierre de universidades y colegios que sucumbieron ante estos sucesos, a la pérdida de la intelectualidad criolla y a la ausencia de catedráticos y personal calificado para desempeñar diferentes cargos públicos.

En 1821 se decretaron leyes referentes a la creación de escuelas para niñas en los conventos, reformas en los colegios y creación de escuelas de primeras letras. En desarrollo de esta legislación, entre 1821 y 1826 se crearon colegios en Medellín, Cali, San Gil, Cartagena, Pamplona, Tunja, Ibagué y Santa Marta. Por decreto también se crearon escuelas públicas, que buscaban dar respuesta a la escasez de maestros utilizando el método del ingles Joseph Lancaster, mediante el cual los alumnos más aventajados instruían a los menores. Al finalizar el gobierno de Santander en 1836, se informó que existían 1.000 escuelas, entre públicas y privadas, y una población escolar de 26.070 alumnos.

Durante este período y de manera simultánea a la redacción del Plan de Estudios Superiores, se crearon la Dirección General de Instrucción Pública y, en la provincia de Bogotá, la Sociedad de Educación Primaria, establecimientos públicos encargados de orientar el desarrollo de la educación en el país. En 1824, siguiendo el espíritu positivista de los tiempos, en momentos aún de turbulencia e indefiniciones políticas, se inauguró, con una concepción patriótica y una colección de minerales, vegetales y objetos curiosos de la época, el Museo Nacional, junto con un laboratorio y una sala de dibujo. El Museo Nacional de Colombia fue creado bajo el modelo francés, concebido en 1793.