El Museo del Oro se creó en 1939, cuando la Junta Directiva del Banco de la República inició la colección de orfebrería y le asignó a éste la misión de defender los objetos arqueológicos de la destrucción y evitar su salida al exterior. Este fue el gran aporte del Banco al país, que por entonces discutía intensamente sobre la identidad nacional, que había aprobado leyes de protección del patrimonio y había creado los primeros institutos y escuelas de antropología y arqueología.
Siguiendo el principio de preservación, en sus primeros años el Museo del Oro adquirió piezas de orfebrería precolombina pertenecientes a coleccionistas particulares, de tal forma que muy pronto se reunió una muestra representativa. En 1946 se dio inicio a la colección de cerámica. En la década de los sesentas, el Museo del Oro fue reconocido por su prestigio artístico y cultural y se erigió como el primero de su género en el mundo. En 1968 se inaugura su sede actual y se conforma la estructura moderna del Museo, la cual continúa con la labor de conservación, investigación y difusión de la colección, pero adecuándose a las nuevas tendencias.
Actualmente, el Museo cuenta con más de 33.800 piezas de orfebrería, 13.000 de cerámica, 3.000 líticos y numerosos objetos de concha, hueso y textil, representativos de antiguas culturas como la Sinú, Tairona, Urabá, Muisca, Quimbaya, Calima, Cauca, Nariño, Tumaco, Tolima, San Agustín, Tierradentro y Malagana.
Desde 1981, el Banco de la República estableció museos en distintas partes del territorio nacional, que recogen las raíces prehispánicas de cada región: Santa Marta -oro Tairona; Cartagena -oro Sinú; Manizales, Pereira y Armenia -oro Quimbaya; Pasto e Ipiales -oro Nariño; Cali -oro Calima; y Leticia -museo etnográfico.
Para dar a conocer el mensaje antropológico del Museo se realiza un activo programa de exposiciones nacionales e internacionales, así como un conjunto de actividades informales y de educación, que tienen en los escolares uno de los objetivos principales de atención. Para ellos se creó el programa de préstamo gratuito de maletas didácticas y videos que maneja la oficina de Servicios Educativos.